Усилия российских ведомств и региональных властей по защите уникального озера признаны неэффективными  

Счётная палата России пришла к выводу о недостаточной эффективности исполнения Минприроды и другими ведомствами принятых Правительством РФ программ по защите Байкала от загрязнения и воздействия иных антропогенных факторов. По оценке высшего органа госконтроля и аудита, по трем государственным и двум федеральным целевым программам, касающимся озера, "показатели выполнены на достаточно низком уровне".
По мнению Счётной палаты, "Минприроды не обеспечило надлежащую координацию деятельности государственных заказчиков программы".
Отсутствие результатов является следствием сложившейся системы взаимоотношений бизнеса и местной власти.

Одним из главных факторов загрязнения Байкала долгое время являлась деятельность Байкальского целлюлозно-бумажного комбината (ЦБК). Построенный в 1966 году в городе Байкальске Иркутской области комбинат ежегодно сбрасывал в озеро до 100 тысяч кубометров сточных вод. В 2013 году на высшем государственном уровне было принято решение о поэтапном закрытии ЦБК. Сегодняшнее "наследство" предприятия – 6,5 миллионов тонн твёрдых отходов.

С 2013 года из федерального бюджета только на утилизацию и ликвидацию отходов Байкальского ЦБК выделено свыше четырех миллиардов рублей, однако работы до сих пор не начались, а большая часть средств была возвращена в бюджет.

При принятии федеральной целевой программы "Охрана озера Байкал и социально-экономическое развитие Байкальской природной территории на 2012-2020 гг." была поставлена цель – превратить уникальную природную зону в центр экологического туризма. Но планы обустройства прибрежных территорий постоянно срываются или откладываются. Из общего числа запланированных объектов построено не более одной трети.

Зато на месте Байкальского ЦБК с 2017 года развернуты работы по созданию нового индустриального парка "Байкальский чистый продукт", на площадках которого разместятся 14 предприятий пищевой промышленности. Как минимум, одно из них "Озеро Байкал – Лун Чуан" на 90% принадлежит китайской компании. По планам проектировщиков, одна из площадок индустриального парка будет создана на месте лесного массива с ценными породами деревьев.  Местные жители уверены: лес наверняка будет уничтожен, тем более, что областные чиновники уже заявили, что его там вообще нет…

В расположенной на восточном берегу Байкала Республике Бурятия хватает экологических проблем, негативно влияющих на чистоту крупнейшего в мире пресноводного водоема. 

Русло реки Селенга - основного притока Байкала – соседствует с фенольным озером. Оно находится на территории Локомотиво-вагоноремонтного завода Улан-Удэ, который на волне "реформ" продал ядовитый водоём частной компании. Много лет идут судебные тяжбы о том, кто должен его ликвидировать. Пока власти Бурятии и общественники думают, как избавиться от фенольного озера, японские предприниматели нашли способ извлечь из этого выгоду. Озеро, которое содержит целую таблицу Менделеева (название "фенольное" носит условный характер), они готовы использовать как источник ценного сырья.

Опасность для экологии Байкала представляют также техногенные отходы обогатительных фабрик в Знаменске, утечка в Селенгу нефтепродуктов с бывшей военной нефтебазы, а также неудовлетворительное состояние очистных сооружений в прибрежных населенных пунктах республики, хотя некоторые из них введены в строй недавно…

Когда общественники пытаются вступить с властями прибайкальских регионов в дискуссию о путях решения экологических проблем, чиновники в ответ призывают местных жителей и волонтёров чистить берега и дно озера самостоятельно, оправдываясь отсутствием средств. 

Многие проблемы Байкала лежат в сфере бизнес-интересов хозяйствующих субъектов, имеющих в том числе иностранное происхождение. Следствием появления таких "интересов" является коррупция и "запрограммированная" аморфность местной власти.